La guerre du Graal. Ce combat sans merci entre sept magiciens pour acquérir la sainte relique, clef des souhaits de tous à chacun. Ces élus, appelés Master, invoquent des héros du passé pour combattre dans cette guerre : les Servants. Ces magiciens possèdent trois sorts de commandements pour plier les âmes héroïques à leurs ordres et les maintenir dans le monde des vivants en leur fournissant du mana. Le but de cette guerre immémoriale ? Vaincre les 6 servants adverses pour libérer le Saint Graal et voir ses souhaits les plus chères devenir réalité.
L’histoire débute trois ans après la guerre du Graal qui fut conclu par la victoire de la servante de classe saber : Arthuria, sur le roi doré Gilgamesh. Il fut de notoriété public au sein du monde des Magus que la gagnante de cette dernière guerre, avait réduit le Graal à néant, sacrifiant son rêve et son désir de demeurer sur terre. Plus personne ne croyait qu’un jour le Graal referait surface, son enveloppe détruite, à présent les tueries ancestrales avaient été mises à terme. Saber crut avoir conclue cette guerre de la meilleur façon qu’il soit et pourtant l’impensable se produisit.
Emergeant des tréfonds du Graal détruit, Kotomine Kirei, le master le plus impitoyable de la dernière guerre, éliminé par le héros de la justice Emiya Shiro, revint à la vie. Mais pire que ça, ce qui pouvait se traduire par un miracle de résurrection, fut en réalité l’émergence de l’entité maléfique Angra-Mainyu qui sommeillait depuis toujours au sein de la relique divine. Ce démon n’aurait pas du survivre à la destruction du Graal mais malheureusement, il se trouva un hôte à posséder avant l’anéantissement de son refuge, avant qu’il ne soit détruit par la gagnante de la bataille de Fuyuki. En effet, le prête Kotomine fut précipité dans l’essence même de l’entité lors de son ultime combat avec Emyia. Sentant sa fin arrivé Angra-Mainyu se refugia dans le corps du perdant et envoya son enveloppe corporelle dans un fragment de dimension du Graal détruit. Pendant trois années, Kotomine, possédé par le monstre millénaire, erra dans ce monde alternatif, jusqu’au jour ou il pu s’en extraire, lorsqu’il parvint à récupérer suffisamment de force provenant d’Angra-Mainyu, en autre terme : à le maitriser. Au moment même ou son corps rejoignit le monde réel, un phénomène paranormal se produisit. Un dôme noir naquit à l’endroit même de sa résurrection, celui ci s’étendit à la vitesse de la lumière sur une surface de 10 kilomètre carré, recouvrant de ténèbres la ville de Fuyuki et sa cité voisine : Karakura, durant trois minutes avant de disparaître, contaminant quelques civils et magiciens qui reçurent dès lors des pouvoirs maléfiques provenant d’ Angra-Mainyu, et devinrent d’entrée de jeu les subordonnées de Kotomine. Ce fut le signal qui annonça le retour de la guerre du Graal. Mais cette fois plus aucunes règles ne rédigeaient cette institution sacrée.
En effet, en transcendant le monde des mortelles, en trompant les fondements même de la vie, Kotomine avait brisé la fragile frontière séparant notre monde de celui des âmes héroïque à l’aide de ses sombres nouveaux pouvoirs, pour plonger le monde dans le chaos. Il avait ses plans déjà bien établis dans son esprit torturé, tout cela suivait un schéma bien établi.
A présent que la délimitation des deux mondes n’existait plus, tout les servants furent expédiés sur terre, sans être invoqués, déboussolés par ce phénomène qu’ils ne purent s’expliquer. C’est alors qu’une voix grave et si bien connu de certain des masters et servants de la dernière guerre germa dans l’esprit de toutes les entités liées au monde de la magie. Kotomine, usant de ses nouveaux pouvoirs, transmit un message télépathique à tous ce petit monde. Tel furent ses paroles :
« Ame héroïque des temps anciens, je vous ai libéré de cette prison intemporelle qui vous privez de vos droits ! Une nouvelle ère est en marche. Soit vous prenez part à l’avènement qui changera ce monde en me rejoignant, soit vous disparaissez pour toujours, sans plus aucune chance de réaliser vos rêves. Je vous prêterai la force nécessaire pour maintenir votre enveloppe corporelle sur terre. Ne vous entêtez pas et participé à mes cotés à cette révolution ! Ceux qui me renieront disparaitront en moins de deux semaines, sans un lien concret qui les unit par un pacte à ce monde. Faites le bon choix et ensemble nous purifieront le Graal en le nourrissant des âmes des Humains et nous exaucerons tout nos désirs ! »Maintenant, le temps des retrouvailles pour certains est de mise. Des servants des guerres précédentes partent à la recherche de leurs masters respectifs, n'ayant pas oublié le lien qui les avait unit. Pour d’autre l’heure de la vengeance d’une défaite passé est arrivé. Mais tous doivent faire un choix. La dernière guerre de Graal mettra en jeu le destin de l’humanité. Les servants, cette fois-ci devront choisir leurs camps.
Soit combattre au coté des humains et faire un pacte avec un magicien pour pouvoir rester rattacher à ce monde et défendre l’humanité par pur abnégation et sacrifier leur vie sur terre. Soit rejoindre l’armée et Kotomine, attiré par le pouvoir de ce dernier et la résurrection du Graal, clef de leurs rêves inaccessibles. Kirei est la source du graal à présent et s’il meurt, tous les servants disparaitront. Voila un choix qui n’est guère facile à prendre pour les servants. S’opposer à lui signifierait sacrifier leurs nouvelles vies…
Le temps du changement est venu…
Concrètement Deux alliances vont se former : les servants passant un pacte avec un magicien pour en faire leur master et ainsi combattre les sombres projets de l’ancien master ressuscité ; et ceux rejoignant les ambitions de Kirei, incluant les civils (Dopel) et les magiciens (Ombres) qui furent contaminés par les photons de l’entité maléfique, dispersé durant les trois minutes de chaos. Kotomine à pour dessein d'engloutir le monde sous la coupe de graal maléfique et avec les pouvoirs que lui confère l'entité, il peut passer un pacte avec un nombre infini de servants et ainsi les maintenir dans ce monde. D'autre resteront neutre, n'étant intéressé que par la vengeance d'un ennemi qui les a battu lors d'une guerre précédente ou encore trop indécis pour prendre une décision immédiatement et observe quelque temps la tournure que prendra les événements.
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